Министерство образования и науки отказалось согласовать все три кандидатуры на пост ректора Курганского муниципального института. Один из главных претендентов на этот пост, заведующий кафедрой философии Борис Шалютин, заявил, что это вышло по его просьбе. Заявление Шалютина выложено на его страничке в Facebook.

По мнению Шалютина, исполняющий обязанности ректора Роман Скиндерев, также баллотирующийся на пост управляющего КГУ, «является активным участником той группы, которая несет ответственность за все нехорошие процессы, протекавшие в вузе последние годы». Скиндерев в ответ на эти претензии заявил изданию Znak.com, что в его диссертации «все положения, выводы, все мысли — оригинальные».Всего на пост ректора КГУ претендовали три человека: Роман Скиндерев, Борис Шалютин и заведующая кафедрой организации работы с молодежью Наталья Бобкова. Заседание аттестационной комиссии Минобрнауки, по итогам которого кандидатам отказали в согласовании, состоялось 25 сентября. По словам Шалютина, беседы аттестационной комиссии с Бобковой и Скиндеревым продолжались около 5 минут, тогда как с ним самим — приблизительно в два раза подольше.

Шалютин замечает, что из-за утраты институтом его стиля (которую он связывает с теми, кто управлял КГУ с 2007 года) усиливается отток самой способной молодежи из Курганской области.Минобрнауки не поясняло, почему всем кандидатам было отказано в согласовании.Ранее, в апреле 2013 года, Шалютин просил Скиндерева разъяснить наличие заимствований в диссертации, источник которых не был указан. Сами заимствования нашел доктор кафедры культурологии КГУ Олег Кузнецов.

Об отказе в согласовании стало понятно 27 сентября.

Кандидатуры Скиндерева, Шалютина и Бобковой были утверждены ученым советом КГУ 29 марта, а затем одобрены Советом ректоров Зауралья.

Роман Скиндерев исполняет обязанности ректора КГУ с апреля 2012 года, когда он победил на выборах ректора. Кандидатура Шалютина была тогда снята аттестационной комиссией Минобрнауки. Спустя некоторое количество дней после выборов ведомство отменило решение комиссии и признало результаты выборов недействительными.